Nella sezione archeologica spicca fra le opere conservate l'Ara delle Vittorie, di raffinata lavorazione e risalente al II-III sec. d.C., e un magnifico sarcofago dello stesso periodo; i reperti di epigrafia cristiana del IV sec. d.C. provengono dall'area della basilica paleocristiana di Sant'Agapito.
Una delle opere più importanti conservate nel museo è l'Eolo attribuito a Michelangelo, proveniente dalla chiesa della Maddalena di Capranica Prenestina, una scultura di raffinata qualità artistica espressione dell’arte e della committenza cinquentesca di area prenestina rimasta a lungo nascosta ed oggi tornata alla luce in tutto il suo splendore; altrettanto notevoli sono il quadro raffigurante una "Madonna col velo" della scuola del Perugino. Una sala del museo è dedicata a "La decapitazione di San Gennaro o Sant’Agapito” attribuita a Caravaggio, tornata a Palestrina dopo molti anni. La Sala del Tesoro custodisce il prezioso busto-reliquario di Sant’Agapito del 1588, realizzato dal Card.
Marcantonio Colonna, cesellato in lamina d'argento e d'oro e altri preziosi oggetti liturgici provenienti dal tesoro della Cattedrale prenestina e dalle chiese della Diocesi.
L'arte tessile è rappresentata da pregiati paramenti sacri, come i piviali del card. Girolamo Bassi della Rovere del 1492 e del card. Antonio Barberini jr del sec. XVII.
Si segnalano inoltre il Gesù Bambino dormiente del sec. XVII, la Madonna di Loreto in cartapesta e la Bambola Sacra raffigurante Maria bambina con vestito ricamato in oro zecchino.

Accesso libero: non è richiesta la prenotazione. Per esigenze speciali è consigliabile contattare direttamente la struttura.